Zalijevanje je jedan od glavnih zadataka uzgoja bonsai biljaka. Zalijevanje se čini jednostavnim, ali nije lako zalijevati ih baš kako treba. Zalijevanje treba provoditi prema vrsti biljke, sezonskim promjenama, razdoblju rasta, razdoblju cvatnje, razdoblju mirovanja i vremenskim uvjetima biljke. Savladavanje vremena i količine zalijevanja vrlo je važno za rast biljaka. Smrt nekih bonsai biljaka izravno je povezana s nepravilnim zalijevanjem.

Osim što biljkama u lončanicama opskrbljuje vodu i hranjive tvari, zemlja u lončanicama također održava normalno disanje biljaka zrakom. Kada zemlja u lončanicama ima dovoljno vlage, čestice tla se šire, istiskujući zrak u prazninama između čestica, uzrokujući nedostatak zraka u zemlji u lončanicama; kada je zemlja u lončanicama suha ili relativno suha, čestice tla se smanjuju, volumen postaje manji i ponovno se pojavljuju praznine između čestica. Praznine se pune zrakom.

Kako se tlo mijenja između suhog i vlažnog, zrak u zemlji u lončanici također kontinuirano cirkulira, omogućujući korijenju biljke da normalno diše. Nakon svakog zalijevanja, korijenje biljke moći će podnijeti nedostatak kisika u zemlji u lončanici u kratkom vremenskom razdoblju. Međutim, ako je zemlja u lončanici previše vlažna dulje vrijeme, što rezultira dugotrajnim nedostatkom kisika, uzrokovat će eroziju korijena i druge bolesti; ako je tlo dulje vrijeme suho, iako u zemlji u lončanici ima dovoljno kisika, biljke ne mogu dugo apsorbirati vodu, što je također štetno za rast biljaka i može čak uzrokovati njihovu smrt. Stoga se pri zalijevanju bonsai biljaka treba pridržavati načela "ne zalijevajte ih kada su suhe, zalijte ih temeljito".

Nedovoljno zalijevanje i dehidracija biljaka uzrokovat će venuće i opadanje grančica, a lišće vene, požuti i otpada. Kod crnogoričnih vrsta, iglice će postati mekane i izgubiti svoju snažnu i bodljikavu teksturu. Kada je nedostatak vode ozbiljan, kora grančica se skuplja poput naježenosti. Ako se s ovom situacijom suočite ljeti, biljku odmah premjestite na zasjenjeno mjesto. Nakon što temperatura padne, prvo poprskajte lišće vodom, zatim ulijte malo vode u lonac, a zatim nakon sat vremena temeljito zalijte vodom.

Kod jako dehidriranih biljaka, pazite da ne zalijete dovoljno odjednom, jer kada je biljka jako dehidrirana, kora korijena se skupila i nalazi se blizu ksilema. Ako se iznenada osigura velika količina vode, korijenov sustav će se proširiti zbog brze apsorpcije vode, uzrokujući pucanje kore, što dovodi do uginuća biljke, pa je potreban postupan proces prilagodbe. Nakon što biljke kojima ozbiljno nedostaje vode prođu gore navedeni tretman, najbolje ih je nekoliko dana držati u sjeni, a zatim ih uzgajati na suncu nakon što ojačaju. Međutim, nemojte pretjerivati ​​s vodom. Osim što uzrokuje strm rast biljaka, utječući na oblik i ukrasnu vrijednost stabla, prekomjerno zalijevanje također može lako uzrokovati truljenje korijena i smrt. Minijaturne bonsai posude zahtijevaju manje zemlje, pa je posebno važno zalijevati ih u pravo vrijeme i u pravoj količini.