Zalijevanje je jedan od glavnih zadataka upravljanja bonsai biljkama. Zalijevanje se čini jednostavnim, ali nije ga lako zaliti kako treba. Zalijevanje treba provoditi u skladu s biljnom vrstom, godišnjim dobima, razdobljem rasta, razdobljem cvatnje, razdobljem mirovanja i vremenskim uvjetima biljke. Ovladavanje vremenom i količinom zalijevanja vrlo je važno za rast biljaka. Smrt nekih bonsai biljaka izravno je povezana s nepravilnim zalijevanjem.

Osim što opskrbljuje biljke vodom i hranjivim tvarima, tlo u posudama također održava normalno disanje zraka biljaka. Kada tlo u posudi ima dovoljno vlage, čestice zemlje se šire, istiskujući zrak u prazninama između čestica, uzrokujući nedostatak zraka u zemlji u posudi; kada je zemlja u posudi suha ili relativno suha, čestice zemlje se skupljaju, volumen postaje manji i ponovno se pojavljuju praznine između čestica. Praznine su ispunjene zrakom.

Kako se tlo mijenja između suhog i mokrog, zrak u tlu za posude također neprekidno cirkulira, omogućujući korijenu biljke da normalno diše. Nakon svakog zalijevanja, korijenje biljke moći će podnijeti nedostatak kisika u tlu posude u kratkom vremenskom razdoblju. Međutim, ako je tlo u posudi dugo vremena previše mokro, što rezultira dugotrajnim nedostatkom kisika, to će uzrokovati eroziju korijena i druge bolesti; Ako je tlo dugo suho, iako u zemlji za lonce ima dovoljno kisika, biljke dugo ne mogu apsorbirati vodu, što je također štetno za rast biljaka i može čak uzrokovati njihovo uginuće. Stoga se kod zalijevanja bonsai biljaka treba pridržavati načela „ne zalijevaj ih kad su suhe, zalijevaj ih temeljito“.

Nedovoljno zalijevanje i dehidracija biljaka uzrokovat će venuće i opadanje grančica, a lišće venuti, žutjeti i otpadati. Kod crnogoričnih vrsta iglice će postati mekane i izgubiti jak i bodljikav osjet. Kada je nedostatak vode veliki, kora grančica se skupi poput guske. Ako naiđete na ovu situaciju ljeti, trebali biste odmah premjestiti biljku na zasjenjeno mjesto. Nakon što temperatura padne, listove najprije poprskajte vodom, zatim u posudu ulijte malo vode, a nakon sat vremena vodu dobro prolijte.

Za jako dehidrirane biljke, pripazite da ne zalijevate dovoljno odjednom, jer kada je biljka jako dehidrirana, kora korijena se smanjila i blizu je ksilema. Ako iznenada dođe do velike količine vode, korijenski sustav će se zbog brzog upijanja vode proširiti, što će dovesti do pucanja kore, što će dovesti do uginuća biljke, pa je potreban postupan proces prilagodbe. Nakon što se biljke kojima ozbiljno nedostaje vode podvrgnu gore navedenom tretmanu, najbolje ih je nekoliko dana držati u sjeni, a zatim ih uzgajati na suncu nakon što ojačaju. Međutim, nemojte pretjerano zalijevati. Osim što uzrokuje strmi rast biljaka, utječe na oblik stabla i ukrasnu vrijednost, pretjerano zalijevanje također može lako uzrokovati truljenje korijena i smrt. Minijaturne posude za bonsai zahtijevaju manje zemlje, stoga je posebno važno zalijevati ih u pravo vrijeme i u pravoj količini.